憲法法庭24日針對同婚釋憲案召開言詞辯論庭，法務部長邱太三在發言時提到祖宗牌位的「考考妣妣」說引發爭議；聯合報社論27日指出，邱太三的說法贏得奇特的歷史定位，以「考考妣妣」的民俗衝擊表示反對，失去法務部長的高度，並質疑邱太三的發言代表政府態度的話，就坐實政府已經是「騙票」政權。
對此，邱太三27日舉行記者會反駁媒體社論。邱太三表示，報社可以有基本立場，但是不能顛倒是非、惡意指謫，他對這樣的批評完全無法接受。邱太三表示，他當天是應聲請人的要求說明同志婚姻是否影響社會秩序，他只是把自己看到的社會事實提供給大家參考，並沒有以「考考妣妣」的理由反對同婚。邱太三說：『(原音)坦白講，我對這幾點要做強烈抗議跟澄清，第一，對於考考妣妣這樣的民俗，基本上我是應聲請人認為說會不會影響社會秩序，我是把我看到、遇到的社會事實提供給他們參考，我從來沒有以這樣的理由表示反對。』
邱太三表示，他曾數度提問鑑定人劉宏恩關於婚姻自由權跟宗教自由、學術自由等權利的衝突，但是對方沒有回答，他只好再提出各國經驗供大家參考。他表示，為了讓法律調適過程更加順暢，立法時應該要搭建溝通橋梁，他也認為透過憲法法庭辯論可以完整呈現各方的意見；邱太三表示，他期待批評者完整看完全部過程再提出批評。
邱太三重申，法務部不會阻擋任何人追求幸福的權利，包含同志團體，法務部委託研究也認為應該保障同志的婚姻權利，只是用何種方式保障；他強調，法務部對修改民法立場開放，只要不造成法律與人權衝突都會支持。邱太三提醒，一步到位與漸進式立法都要考慮社會衝擊和現實需要。