在備受矚目的軌道建設方面，包含5項主軸，包括高鐵、台鐵連結成網，強化台鐵與高鐵轉乘服務；升級台鐵東部服務，完成環島鐵路電氣化路網，和花東全線雙軌化；鐵路立體化或通勤提速；都市捷運，以及中南部觀光鐵路。
軌道運輸4年公務預算、特別預算和地方負擔款項的總經費為新台幣9,558.63億元，其中特別預算占4,241.33億元，將推動38項計畫。包含評估高鐵延伸到屏東的可行性、北宜鐵路工程規劃與環境評析、成立軌道技術研究暨驗證中心、台南市區鐵路地下化、桃園都會區鐵路地下化、高雄捷運岡山路竹段延伸、桃園捷運綠線延伸至中壢、新竹環線輕軌、台中捷運藍線、基隆輕軌、恆春觀光鐵道計畫、阿里山森林鐵路42號隧道計畫等。