羅東林管處指出，員山生態教育館的三套環境教育認證課程，是針對不同年齡與學習需求的對象精心設計，分別為：「縱橫時空的森林之旅」為1小時的館舍導覽解說，適合學生、親子及一般大眾組團報名；「森林動物冒險王」為2小時的學生方案，適合國小3~6年級學童參加，透過角色扮演遊戲認識保育類野生動物的生態與生存危機；「新方舟計畫」為4小時的專業研習，適合18歲以上的成人參與，藉由各項生動有趣課程帶領學員們，瞭解保護留(區)所扮演的各項功能。
員山生態教育館常態性開館時間為每週六、日及國定假日08：30~17：00，週一至週五將主動接洽各級學校改採預約服務制，為了提供優良服務教學品質，請於活動日前14天進行預約，課程及服務諮詢專線為0970-725-235；（03）922-4307。另外，針對寒暑假旅遊旺季，駐館解說服務時間調整為每週三至週日。