海軍司令部指出，飛彈快艇這次任務是實施海上夜間對抗操演，磨練飛彈快艇夜間作戰能力，以因應未來制海作戰的需求，現已由第三公證單位與海巡署調查中，將視調查結果，責任歸屬，海軍表示尊重與負責。
曾任國立基隆海事航海科主任、現任實習輔導處主任蔡金城表示，海軍在實施操演前，若有事先透過「航船佈告」或NAVTEX航行警告電傳發布相關消息，但漁船並未注意，在海事判決中，漁船會較為劣勢。
他說，目前已有第三公證單位與海巡署調查中，可透過「船舶自動識別系統」（AIS），搭配「自動測繪雷達」（ARPA）及「電子海圖顯示及資訊系統」（ECDIS），調閱兩船記錄航跡，釐清責任歸屬。
另外，蔡金城指出，若漁船船長所言屬實，「光華六號」從漁船左舷前方而來，根據「國際海上避碰規則」（COLREGS），兩船屬於「交叉相遇」情勢，也就是雙方只能看見對方的左舷舷燈（紅燈），或是右舷舷燈（綠燈）時，見對方左舷燈的船舶為「讓路船」，具有避讓他船的義務，反之，則為「直航船」，擁有航線權。
他指出，當時「光華六號」應可看見漁船左舷舷燈（紅燈），當下就應採取「避讓措施」，漁船原則上不需改變航向及航速，直航即可。
不過，「交叉相遇」也有但書，蔡金城表示，當一方沒有閃避時，基於船舶和人命安全，直航船也可單獨採取避讓措施，避免碰撞。顯然北洋號也未及時避讓，雙方才會發生碰撞。
「北」船船長林重君表示，當時他有開雷達，可能因為天候不佳或是光華六號裝備精良沒有掃測到。蔡金城表示，雷達面板應該會出現光點，但可能較小，不會消失，可能因為漁船雷達設備不佳，或受到天候影響，雷達才掃不到「光」船，但船長也需透過適當的瞭望方式，確保船舶航行安全。