台大論文造假案爆發後，包括多個教育團體和學者都陸續召開記者會，呼籲校長楊泮池應負起行政責任，請辭校長一職。
楊泮池18日在台大校務會議中指出，在論文案調查過程中，他已盡到迴避責任，調查結果也明確顯示，他與論文發生的問題無關，但這次的學術倫理案是台大的一次挫折，而且很遺憾的，單純的學術倫理事件至今已演變為不顧事實、隨意指控、無限上綱的情況。
他強調，為了不讓台大繼續受到誤解與攻擊，也為了台灣學術界的和諧，在學校教評會完成審議後的第一次校務會議，也應該是他承擔的時機，所以他期盼校務會議能同意他在6月任期屆滿後，不再續任校長職務。楊泮池：『(原音)我們的特別委員會、我們的教評會已經做過審議，其實是也告一個段落，我應該要這時候承擔的一個時機。』
面對楊泮池突如而來的訴求，台大校務會議決定展開現場投票，最後決議將再召開臨時校務會議因應，具體議程再由程序委員會決定。
有學者建議楊泮池應即刻請假至任期屆滿，對此，楊泮池表示，他會做滿任期，並為台大建立起學術倫理機制。