承辦檢察官深入追查後認為本案情節嚴重，而該機構仍在運作，且無向主管機關通報之紀錄，恐有其他被害人及加害人仍在安置機構內而處於遭受性侵害或有其他影響身心健康之虞，乃主動簽分偵辦，進而指揮南投縣政府警察局婦幼隊組成專案小組擴大追查，俟事證蒐集齊全，向南投地方法院聲請搜索票獲准，於106年3月15日會同南投地檢署多位檢察官，指揮南投縣政府警察局、草屯、埔里、仁愛等分局、保安隊及少年隊等搜索該機構行政中心及學員宿舍共5處，並聯繫南投縣政府社會處同步實施行政稽查。
檢方表示，經檢察官搜扣證物、偵訊涉案人員及機構負責人、工作人員等相關證人後，初步查獲妨害性自主行為近10起，被害少年4名，涉案人數4人，其中陳姓成年人經檢察官諭知交保5萬元，少年3名業由南投縣政府警察局埔里分局移送南投地方法院少年法庭，被害人部分則另行安置其他機構。
檢方表示，為保護現仍安置在該機構之少年權益，南投地檢署已通知各裁定之少年法院。全案南投地檢署檢察官將繼續調查偵辦，以打擊犯罪，遏止不法，並保護兒童少年，維護社會善良風俗。