台泥已為此向行政院提起訴願，並獲行政院訴願會通知明天進行訴願言詞辯論。但環保團體今天批評，經濟部兩度扭曲事實，說詞也都不被環保署採納；但卻又為了協助金昌規避環差，竟於2月8日註銷作廢金昌礦區原本所領的礦業登記證、核發新礦業登記證，並行文副本給環保署以及行政院，主張新礦場登記證才是礦業法下的開發許可，3度操弄開發許可證認定。
台泥公司表示，金昌礦區從2005年啟動開發流程後，歷經礦業用地申請、重做環評、水保規劃、開發計劃等行政程序的申請，相關流程跨經濟部礦業局、花蓮縣政府、內政部、環保署、農委會等機關的審查，前後耗時11年才完成各項許可申請。
台泥在申請行政流程時，為了爭取時效，於103年3月31日主動去函環保署請求進行環境現況差異分析及環境影響差異分析報告的審查，結果環保署徵詢經濟部解釋開發許可時點時，兩部會一致認定為不需送「環境現況差異分析及對策檢討報告」，所以撤回未予審查。
依經濟部和環保署的共同認定，金昌礦區的環評開發許可時點顯然是2016年「取得水土保持施工許可證及申報開工」，孰料去年9月1日開工後，10月接獲環保署命令應補辦「環境現況差異分析及對策檢討報告」，並命即時停工。
台泥認為這是政府機關之間相互掣肘，自我認知矛盾，造成政策無法讓人信賴，所以才向行政院提起訴願，台泥會在訴願會上爭取合法權益。