台菲在2015年11月5日簽署漁業執法合作協定，並於當天舉行「技術工作小組」第一次會議，雖然建立了執法3項共識，但對攸關漁民作業權益的菲律賓「鄰接區」執法問題，雙方在第一次會議各執己見，決定等到第二次會議繼續討論。
2016年3月15日舉行的技術工作小組第二次會議，菲國「鄰接區」水域的執法問題仍無法取得共識，僅同意以和平方式解決鄰接區內的漁業糾紛，等下次會議再來協商雙方歧見。
技術工作小組第三次會議在今年3月9日召開。外交部表示，我方在會中堅定主張「鄰接區」水域是台灣的專屬經濟海域，我政府必須維護台灣漁民捕魚權益，要求菲方不要在自己主張的這個「鄰接區」扣押台灣漁船，但菲方堅持要在「鄰接區」執法，並未對我方主張做出具體承諾，只說會斟酌情況採取緩和衝突的措施。
相關官員13日表示，菲律賓基於該國憲法有所堅持，雙方現階段要談出合作共識的難度不小，在歧見尚未化解情況下，官員坦言，那塊水域「實在不適合進去作業」。
外交部則說，已請漁業署持續向漁民宣導，提醒我漁船宜留意進入菲國「鄰接區」作業的風險，並請海巡署持續依法護漁，以確保台灣漁民合法作業權益。