劉相君於2000年到康寧大學任教，因為維修車子與吳姓技師熟識，吳知道他是教師後，經常與他談鹿耳門媽祖和鄭成功的相關事跡、遺址，吳認為隨著歲月和沿海環境改變，這些事跡、遺址僅憑耆老的口述流傳會越來越紛歧，鼓勵他進行研究，為歷史事件找真相，勾起了他的興趣。
數百年物換星移、滄海桑田，台江內海的地形地貌變化極大，加上缺乏精準的文字記載，使得一些歷史事件流傳模糊不清，甚至偏誤。
「地點是很多歷史事件的關鍵，所以我從疊合台江內海數百年前的古地圖著手。」劉相君積極蒐集台江內海的相關資料，包括訪談耆老推測沿海地貌改變情形、找尋古老地圖，還設法取得1652年受過專業訓練的荷蘭人Plockhoy所繪製的《大員及其附近地區海圖》，然後於2012年從Google取得台江內海的圖像，運用數位科技比對，製作出台江內海數位疊合地圖。
劉相君從古老地圖和相關資料中找出「熱蘭遮城」、「普羅民市鎮」兩個古今沒有變化的定位點，疊合出來的地圖還原了荷據時期台江內海的海岸線、沙洲、海港、河道位置，發現古鹿耳門港道不等於鹿耳門溪、古曾文溪出海口的位置、一至七鯤鯓曾經連續，也精準還原鄭成功攻打荷蘭人的登陸地點。
疊合地圖完成，劉相君於2012年發表論文，並分別於2015、2016年辦理「鄭成功登陸作戰路線」、「台江古地圖鹿耳門爭議科學證據佐證」研討會，讓文史工作者分享。
劉相君說，雖然疊合地圖已經做出來了，可是還有許多歷史事件發生的地點還未標出來，所以他會繼續研究製作更精細的疊合地圖，提供歷史學者參考。