騎乘YouBike須以持悠遊卡或一卡通租借、還車，但常因未辦妥還車手續而被持續扣款。台北市政府為提醒民眾租借時間，首創簡訊提醒還車服務，租借後4小時仍未有還車紀錄者，以手機簡訊方式通知。
歸還YouBike時，須以交易卡片放置於停車柱面板感應區扣款，且面板顯示由藍燈轉綠燈後，才表示完成還車程序。事實上，民眾撥打YouBike客服電話詢問事項中，以使用紀錄、借還車或扣款是否成功等項占大宗。
目前，台北市YouBike現行費率為前30分鐘5元，接下來採累進費率，使用4小時內、每30分鐘10元，4小時至8小時、每30分鐘20元，超過8小時以上每30分鐘40元。也就是超過4小時以上，每小時就要花費40~80元。
台北市交通局表示，為減少還車不確實所衍生的費用爭議，以簡訊提醒租借超過4小時的民眾。租借系統將於整點時間搜尋借車未還名單，並就租借逾4小時未還車者，於每小時發送簡訊通知，也考量於夜間發送簡訊通知可能干擾民眾作息，簡訊通知僅在於8時至22時間發送，提醒民眾於租借4小時以上採累進費率，如無使用需求，請盡速還車。
除了租借YouBike後4小時仍未還車者，會收到系統自動發送的簡訊通知外，也可下載或更新YouBike APP，以手機號碼登入會員帳號，點選「推播紀錄」選項、「啟用推播」功能後，在租還車3分鐘內，就會收到系統回傳的還車消息。