禽流感疫情於2月初確診有人畜共通的H5N6高病原性禽流感案例，為免病毒持續進展，演變成易感染人的疫情，2月17日起禁運禁宰7天，防範運輸屠宰流程擴散病毒感染，並提高通報確診撲殺金額，鼓勵禽場飼主一有異狀就通報，以利採樣確診立即撲殺，以清除病毒。
幾波措施祭出後，農委會防檢局統計也發現，從18日採樣到的檢體確診H5N6之後，至今H5N6確診撲殺禽場維持在11場，沒有增加。
但是禽流感疫情從2003年以來，一直存在台灣的H5N2，卻是專家認為要不要清除禽流感病毒的關注焦點。例如台灣大學獸醫專業學院名譽教授賴秀穗就提出建議，是否要延長禁運禁宰措施，以徹底清除H5N2病毒。
中央研究院生物醫學研究所兼任研究員何美鄉指出，現存台灣的H5N2是老的、特有種的，就是台灣從2003年以來的，已經變成6個鹼基的禽流感病毒。
何美鄉說，賴秀穗希望禁運禁宰通報採樣確診後撲殺能多做一點，H5N2就可以清掉；但是她不知道H5N2呈現出什麼樣的狀態，因為它是很低病原性，不知道它有多麼隱性？所以她還沒有信心支持延長禁運禁宰措施。
農委會副主委黃金城也說，H5N2目前因為是弱毒株，所以不容易發病，看不出症狀，難以清除，又不能所有家禽都撲殺。
何美鄉也說，陰性跟陽性要能分辨得出來，她才知道有沒有機會進一步清除病毒的機會，要不然要殺光所有家禽，實務運作來說也很困難。
何美鄉還說，假如檢驗出的陰性跟陽性案例死亡率都一樣，就沒有東西可以讓你知道、判斷，就看不到現象跟問題，就會沒辦法確認是否能進一步清除病毒。
她進一步指出，每個禽場的死亡率，陽性的比陰性高的話，就知道可以依據死亡率來清病毒；但是現在不知道陰性跟陽性的死亡率，通報資料上少這一欄資料。
記者另訪黃金城，他說明，一有異狀就通報下，不太可能觀察到真正死亡率；但不先通報，疫情會擴展。
假使長期存在台灣的H5N2病毒難以清除，未來是否會在台灣環境共存下去？何美鄉說，目前少1欄資料，她不知道能不能清得掉，尚無法回答此問題。