台大學生會和台大研究生協會發表共同聲明指出對於種種近期中共相關單位引發的爭議，予以嚴正譴責，認為此舉可能侵犯台灣各大學的學術自主性，更對有志前往台灣交流的中國學生學習成果劃地設限、無法脫離幽閉的思想牢籠，扭曲兩岸學生互信、友善交流的本意。
聲明中也表示，對於大學自主，各界應予以高度重視與尊重，大學本身也應積極捍衛其自主性與學術尊嚴，並秉持此原則從事各項學術交流；各校面臨中共當局不當介入與無理要求，無奈下做出的妥協，對此深感遺憾，認為教育部應當對相關行政單位做出處分，引以為戒，無孔不入的思想、社會箝制，只會將兩岸人民的距離愈推愈遠。
針對此次事件，台大學生會與台大研究生協會也呼籲，社會各界應秉持守護台灣民主多元價值的精神，正視此問題，對嚮往台灣學風的中國留學生來說，來到台灣接受多元文化及自由思想的洗禮，才是兩岸交流最大的吸引力，若連基本受教權也可能受侵害時，台灣學界應為此發出不平之鳴，呼籲教育部及各大專院校一同攜手，捍衛學術自由的立場，維護大學辦學初衷。