中華大學行政管理學系副教授曾建元表示,救國團成立時,國民黨當時進行組織改造,救國團雖設立在國防部之下,但實質上曾受到國民黨控制;他認為應關注救國團登記為社會團體之前,其財產如何取得,有沒有把應付出的對價給政府而非國民黨。
政治大學歷史學系教授薛化元指出,過去黨國不分、以黨領政,救國團是國民黨因需要成立的組織,且運作讓救國團從政府拿到資源。
文化大學史學系教授陳立文說,國民黨中改會將通過的救國團籌組原則送到行政院,但行政院回覆的函文,只提及救國團隸屬於國防部,將中改會提出「國民黨以黨團方式領導、選拔本黨優秀同志擔任幹部」等文字刪除。陳立文表示,救國團實際運作一直是經過行政院體系。
台北市立大學社會暨公共事務學系兼任教授黃德福也表示,國民黨前主席李登輝在1999年曾有意安排賴國洲出任救國團主任,但沒有成功,且救國團縣市團部主委、副主委等幹部,也有由民進黨政治人物擔任,例如黨產會發言人施錦芳就曾擔任過救國團幹部,可見國民黨無法控制救國團人事。
關於救國團為何突然脫離國防部隸屬,但經過一段時間才登記為社團法人,東吳大學副校長董保城表示,必須站在當時時空背景想像政府組織情況,他認為當時政府法制不齊備,因此慢慢讓救國團走向獨立的組織。