依據調查局草案內容，計畫在各級政府機關設置安全保防處（室）、設保防員，對可疑對象可到家查訪、通知到場詢問、查驗身分、帶往指定處所行政調查；替外國勢力發展組織者，最高可處7年以下徒刑，首謀加重1/2。
調查局指出，現今境外敵對勢力、外國勢力、電腦駭客，甚至恐怖主義，全面性滲透中央機關或地方鄉鎮，對國家安全構成嚴重威脅，若不推動保防工作法制化，國家機密將門戶洞開。
調查局官員指出，除了政府機關的國家機密外，經濟上的商業機密也要保防，如台積電為國內重要企業，初步草擬應設立保防室，裡面工作人員須到調查局受訓；行政法人中科院，有在研發武器屬重要機密，也必須設立保防處。
調查局官員說，三大保防主管機關分別「軍中保防」為國防部，「社會保防」為內政部，「機關保防」為法務部。