為嚴防禽流感疫情擴散，花蓮縣玉里警分局派員在周遭進行交通管制，防止未經檢疫或已受汙染禽、鳥等相關貨物，經由運輸擴散將疫情流出。
台東縣上緊發條，關山警分局12日到21日，在進入台東縣的南迴公路、花東公路、花東海岸公路，包括池上及長濱兩處設置管制哨實施稽查管制，並提高台9線巡邏密度，針對載運禽、鳥或排泄物等相關貨物的大貨車稽查。
宜蘭縣提升防疫管制措施，即日起至21日禁止花蓮縣水陸禽進入轄內，蘇澳檢疫攔查站提升管制等級全天候實施管制措施；昨晚又在北宜公路北上68公里處加設全天候消毒攔查站，加強運禽車、蛋車、飼料車、化製車查核。運禽車須停車查驗移動管制通知書等各項證明文件，並經徹底消毒後始得入境；若來自花蓮載鴨的運禽車，還要執行溯源清查。
雲林縣動植物防疫所長廖培志指出，一級開設的外部嚴陣防範作為，正研擬邊境管制措施，將於近日公告，針對進入縣內死禽畜銷毀化製廠車輛，加強消毒查核；並對進入禽場的運禽車加強消毒及查核。研擬邊境管制措施將設置攔檢站（檢疫站），在國道1號高速公路雲林縣境南北，北邊可能在西螺，南邊可能在斗南或大埤附近各設置1處，嚴陣防範。
嘉義縣朴子市日前傳出烏骨雞驗出H5N6禽流感病毒，除了對案例場跟禽場密集區域全面執行採樣監測、消毒作業、加強禽場訪視及查報工作，並持續加強六腳大排沿線的畜牧場與違規家禽飼養場查緝，全力防範疫情擴散。
台南市六甲區一處火雞場12日確診感染高病原性H5N2及H5N6禽流感疫情後，台南市隨即防疫一級開設，場疫情訪視及調查範圍由3公里擴大至5公里內；採樣範圍也由1公里擴大至5公里；原本無須移動管制，目前3公里內禽場全面移動管制。
監測頻度方面，原規定1公里內禽場每月採樣1次、1到3公里禽場加強疫情調查，現兩者都提高為半個月採樣1次，1到3公里禽場後續每月採樣1次，持續監測3個月。屠宰規定，3公里內所有禽場及3到5公里內鴨場須經檢測無病毒存在後，才可上市屠宰。
屏東縣家畜疾病防治所表示，屏東縣設有4家化製廠，接受化製全台畜牧場的死廢畜禽屍體。為避免死亡禽隻散播疫病，15日至28日在化製廠旁設置化製運輸車輛檢疫消毒站，檢查及消毒外縣市載運化製畜禽車輛。
高雄市13日在屠宰場發現疑似禽流感雞隻，動保處採樣並勒令凍存已宰殺的3033隻雞；並要求全市439場約550萬隻的禽場設防鳥設施，落實禽場門禁，加強私宰查緝，同時請野鳥協會針對公園濕地和觀賞鳥店的禽鳥排遺做採樣，全面防堵禽流感。
台中市農業局表示，台中市有242座家禽場，已掌握最新資訊並作出預防整備方案，相關人力、物資已盤點完善，各局處間橫向聯繫建置完備隨時因應處理；此外，市府每月也定期與中央召開視訊會議，了解國內外疫情發展及擬定防疫作為，全力杜絕疫情。