因應高病原性禽流感疫情在台灣持續發生確診案例，以及有禽場或禽隻陸續傳出H5N6人畜共通禽流感疫情確診，至今天中午累計4例。
林全今天出席在農委會防檢局召開的「106年禽流感中央災害應變中心第1次會議」。
他說，2月之後，花蓮、台南及今天嘉義檢出 H5N6高病原性禽流感病毒，病毒跟日、韓相同，針對花蓮以外有H5N6疫情，農委會主委林聰賢昨天電話聯繫他，建議應變中心改為一級開設，由林聰賢擔任應變指揮官。
林全強調，此舉是依據去年災害防救法修法完成的首次作法，希望中央各部會通力合作，加強防疫。
他說明，動植物疫病發生災疫，必要時可由農委會啟動中央災害應變中心因應，農委會主委則為指揮官，這次是首次實施，因此相關的作業流程和過去不同，他要特別提醒中央和各地方防疫機關留意。
對於媒體報導民間對人畜共通的H5N6感到恐慌。林全說，H5N6過去在中國大陸發生過禽傳人案例，在日本跟韓國則沒有傳出人被感染，需要很小心，他已請農委會、衛福部加強宣導及教育工作，避免民眾過度恐慌，因為雖然有案例，不是普遍案例，但也不可以掉以輕心。
立法院去年修法，在「災害防救法」第二條的災害類別中增列生物病原災害、動植物疫災、輻射災害及工業管線災害；並在第三條中訂定新增災害類別的主管機關。
包含明定生物病原災害、動植物疫災、輻射災害及工業管線災害的中央災害防救業務主管機關分別為衛生福利部、農業委員會、原子能委員會及經濟部。