市府表示，台南市防疫一級開設，由賴清德擔任總指揮官，副市長張政源擔任副總指揮官，秘書長李孟諺擔任副總指揮官兼發言人，農業局長許漢卿擔任指揮官，動保處長吳名彬擔任執行官。
市府說，台南市提高防疫層級，除加強移動管制，也增加監測頻度及範圍；原規定案例場1公里內禽場每月監測1次，1至3公里加強疫情調查；現提高為1公里內禽場全部移動管制，每半個月採樣1次，持續3個月。
案例場1至3公里禽場也全部移動管制，且須經首次檢測無病毒存在後，才可屠宰上市，半個月後再監測1次，後續每個月採樣1次，持續3個月。3至5公里內鴨場採樣，其餘加強臨床訪視，有異樣採樣送檢，無病毒存在後才可屠宰上市，每個月採樣1次，持續3個月。
台南市衛生局也對本案相關業者及工作人員共16人，進行健康追蹤及自主管理，目前健康情形良好。