蔡正元1月29日在社群網站臉書（facebook）以「侮辱原住民的民進黨」發文表示，民進黨政府在屏東縣牡丹鄉重建日本神社，神社原址是牡丹社事件中，日本人殘殺原住民場所。民進黨人不是重建阿祿古酋長英勇事蹟，而是重建日本神社，對日本人歌功頌德，非常不可思議，「民進黨人重建神社，到底想彰顯什麼？」
高士部落昨天在臉書發出聲明稿指出，高士神社非民進黨重建，是由日本神職人員佐藤建一於日本民間募資興建而成，西元2015年8月送抵高士部落啟用。高士神社不是對日本人歌功頌德的象徵，高士部落不曾遺忘歷史，現在的高士小神社是部落與日本民間友人對糾葛歷史的釋懷，是化解紛爭、建立友好象徵。
高士部落遺憾蔡正元未能向高士人求證而發布錯誤訊息表示，近日不少人因錯誤訊息而專程到部落興師問罪，極不友善的態度對族人造成恐慌與壓力，請蔡正元公開向高士部落道歉。
蔡正元下午受訪說，他不是批評原住民，而是批評民進黨政府，他以合法、合情方面分析，合法方面，設立神社，難道不需民進黨的地方政府核准嗎？
合情方面，他說，高士原住民祭拜祖先，用自己的傳統儀式不是更合情合理嗎？為什麼要用日本神社？為什麼在那個地點？「跟日本人和解所以蓋神社，這樣合情嗎？」
蔡正元表示，他了解當地人用意，建神社或許可吸引日本人觀光，促進地方產業發展，但民進黨很喜歡講歷史正義，這樣符合歷史正義嗎？也許高士人不必考慮這麼多，但民進黨政府不該多想一點嗎？他從頭到尾沒怪原住民，要怪地方政府。