對此，法務部廉政署今天發出新聞稿表示，CPI自2012年起採全新的計算方式，方便國家進行年度間比較。惟2016年除援例引用2015年7個機構的調查資料外，新增1項多元民主機構(Varities of Democracies,V-Dem)的調查數據，致無法做前後年之比較。
廉政署表示，2016年臺灣 CPI若援引與2015年相同的7項指標，我國得分應為62分，與2015年相同，全球排名可上升 1 名，擠入第 29 名，惟因新增多元民主機構的調查數據，此項首次出現的調查評比，我國只得到50分，分數遠低於平均值，致影響我國的總得分及全球排名，使我國的分數較2015年退步1分、名次退步1名。
另外，廉政署指出，2015年CPI全球納入評比為168 個國家及地區，2016年則為176個國家及地區，也會影響整體排名，然而這樣的成績仍勝過8成2納入評比的國家；若以亞太地區觀察，臺灣居亞太第7名，與去年相同。
廉政署說，多元民主機構(V-Dem)的調查係透過學者專家的研究結果而來，其關切 範圍除了行政部門，亦及於司法、立法人員發生貪腐的現況，該項調查預期會成為CPI持續引用以評估我國的資料庫，故加速司法廉政改革及與立法部門行為規範有關之陽光法案檢討策進，將是未來提升評分的必要作為。