台塑六輕煙囪排放汙染連續監測系統（CEMS），綠色公民行動聯盟從去年1至11月間持續下載政府公開數據，發現2萬5000筆超標數據，262件達開罰標準，但官方數據中超標紀錄疑「消失」，且雲林縣府去年只開出一筆新台幣10萬元罰單。
雲林縣府聲明，所有原始傳輸數據都保留在資料庫中查驗，並未刪除任何數據，並建請中央修正「固定污染源空氣污染物連續自動監測設施管理辦法」，避免工廠可能利用有效值需達85％以上的漏洞，遏止故意切換為無效值的行為發生。
雲林縣長李進勇說，所有數據都在，隨時歡迎來查，環團指出262件應罰未罰，是「嚴苛指控」，嚴正要求拿出具體資料比對，茲事體大，上到縣長，下至環保人員都有責任，必要時需接受司法調查。
對於監測數據質疑爆發後，環保署官員隨即附和發言，李進勇呼籲環保署，應進一步瞭解事實真相，才可相對發言，以免打擊地方第一線環保人員士氣，期盼中央與地方步調一致，並共同面對調查，直到水落石出。
李進勇再次建請中央，面對亞洲第二大、台灣第一大的石化園區，成立「國家級六輕工業區環境監控與災害防救應變中心」，透過這次事件應該正視，改善監督制度，公平對待地方政府，「雞蛋中央拿走，雞屎留給地方」，哪有這種道理。