台灣經濟研究院強調，媒體報導「江丙坤、林建甫共治 綠色智庫變藍色 台經院成了馬政府退官收容所」內容完全與事實不符，而撰稿前也沒有事先訪問台經院，並沒有做到平衡報導。報導內容已對台經院聲譽造成傷害，台經院將保留法律追訴權。
台經院表示，自林建甫接任院長後，台經院近兩年聘任副研究員以上的人員共40人，有國家政策研究基金會背景僅3人；內部升任主管4人，國政會背景僅1人；內部升等正副研究員各5人，則均無國政會背景。從比例上可見，台經院的聘任、升等與主管任用並無黨派立場，完全公平公正。
至於在院長室下成立的「兩岸發展研究中心」、「新興市場研究中心」與「南台灣專案辦公室」等組織，台經院表示，這些單位都是林建甫在評估時代潮流及符合國家利益的情況下，提請董事會同意後所成立的新單位。
另外，針對董事會結構改變，大舉稀釋長期擔任顧問的5、6位綠營學者的影響力，台經院表示，院內董事均需經董事會投票通過，非董事長一人所能左右。
台經院進一指出，院內所聘顧問均是出席顧問會議時才給付微薄出席費，而顧問會議亦為2個月召開1次，卻被形容為「馬政府退官收容所」，實有辱台經院與聘任顧問的名聲
台經院強調，台經院接受董事會及顧問群指導，在院長、兩位副院長及各單位主管領導之下，向來不分黨派色彩，努力扮演政府智庫角色。