綠色公民行動聯盟質疑，自2016年1月至11月期間台塑六輕計34支煙囪設有連續監測系統(CEMS)的數據，共有2萬5000筆超標數據，達到開罰標準者有262件。
台塑企業表示，實際上，煙囪連續監測系統每小時產生1筆數據，11個月期間34支煙囪會產生190萬筆數據，綠盟所提的「超標」數據，是依法定期校正、定期維護所產生的數據，依法標註為無效，其中絕大部份亦低於管制標準。
以環保署要求連續監測系統的數據有效率應達75%的規定，台塑六輕廠34支煙囪的無效數據僅1.3%(2.5萬/190萬)，數據有效率達98%以上。
台塑企業指出，2016年1月確實有一件製程操作異常案件，導致CEMS監測到氮氧化物濃度超過管制標準，雲林縣政府依法處罰10萬元，這件異常發生廠處已經立即排除異常，比對當時環保署麥寮空氣品質監測站數據，二氧化氮濃度維持在當地背景11ppb到19ppb，顯示這次異常並沒有影響附近空氣品質。
台塑企業說，六輕廠依法設置34支煙道連續監測設施、10座周界空氣品質監測站、10座光化學監測站，皆與雲林縣環保局、工業局工業區服務中心即時連線，接受監督，環保署及各級主管機關可隨時入廠查核，台塑企業絕對全力配合。