台灣農業缺工問題嚴重，尤其是畜牧業，由於得很早上工，因此常面臨找不到人力的窘境。「一例一休」上路，讓不少農企業主憂心，經營恐怕雪上加霜，更有學者預估，農企業將成本轉嫁至消費者，農產品今年恐上漲1至3成。
對此，農委會副主委陳吉仲10日表示，有關農業的採收和生產，由於並非全天投入，因此不會受「一例一休」上路影響，受到影響的，主要在於農業的運銷通路；至於影響會有多少，農委會已經在進行盤點，下周結果就會出爐。但可確定的是，農產品的價格，絕對不可能因此上漲1至3成，畢竟影響農產品的價格，主要還是氣候因素。陳吉仲說：『(原音)它的勞動成本占整個服務業成本的多少，就我們所知，所有的運銷通路業者，不管是大盤，中盤或是小盤，主要成本來自於貨源供應，再加上它的營業費用，就是所謂的勞工成本，以及營業的那些店，包裝那些成本，勞動成本占的比例沒有那麼高。』
畜牧處處長李春進則指出，畜牧業主要是缺工問題，並不在於「一例一休」，且由於台灣國內畜禽產品競爭激烈，加工業者只要一提高價格，可能就得面臨國外進口的壓力。李春進也指出，近期國內豬肉價格若微幅上漲，應該也和農曆過年前需求增加有關，並非「一例一休」導致。