為強化傳染病通報機制，即時掌握疫情變化，爭取防疫時效，衛生福利部疾病管制署自西元2014年起結合雲端服務優勢，與醫療院所合作推動「防疫雲」計畫。
主導防疫雲計畫的疾管署副署長莊人祥受訪表示，防疫雲計畫包含運用醫院電子病歷進行傳染病通報（EMR）、實驗室傳染病自動通報系統（LARS）2項自動化通報機制，推行3年下來，經防疫雲通報數量已達全國醫院傳染病通報量5成以上。
莊人祥說，過去若染法定傳染病民眾到醫院看診，醫院都要用手工鍵入方式上傳通報，但EMR改由醫院電子病歷自動上傳，有效縮短醫院人員通報時間達2成以上，且可以減少資料登打錯誤率或遺漏率。
他說，LARS系統納入20種傳染病，當各醫院實驗室檢驗出陽性患者，就會即時通報，比過去還要採集檢體、等化驗等，節省1到2週時間，且可即時掌握疫情變化，如流行哪一型別的流感病毒，並據此研擬防疫策略，對疫情監測幫助甚大。
疾管署今年將再推動新一代防疫雲計畫，除維持目前已建置的高品質電子化自動通報流程及技術，將加速研發新一代交換技術，希望拓展到地區級以下醫院及診所等資源有限醫療院所，讓傳染病監測面向更寬廣、更即時。