這是馬英九卸任後的首個元旦升旗典禮，馬英九辦公室表示，馬英九從擔任台北市長開始，就會前往府前參加元旦升旗典禮；即使卸任市長未擔任公職期間，也曾以個人身分參加。
升旗典禮上午6時25分開始，由45名2016年國軍楷模領唱，總統蔡英文和副總統陳建仁出席升旗典禮；馬英九則在北廣場與民眾一起升旗，馬英九大聲唱國歌，唱完並向國旗敬禮，兩人相隔很遠，並無互動。
馬英九今天身穿米色夾克，右踝因跑步扭傷戴著護具，醫生說要休息一、兩個星期。媒體問，是不是就算受傷也要來參加升旗，馬英九說，對呀，這沒甚麼大傷，還開玩笑說，「我坐車來的，沒有跑步來」。
被問到新年新希望，馬英九說，希望國家更好、黨更好。
媒體詢問，是否有跟前國安會秘書長金溥聰勸退國民黨副主席郝龍斌參選黨主席，馬英九表示，不曉得、沒聽說。