《超級瑪莉歐酷跑》別於其它商城制的手遊，採用付費買斷制的方式，售價為新台幣300元就能暢遊所有關卡，不過這種模式並不能讓所有用戶埋單，在APP Store上的用戶評價呈現兩極化，大多為五顆星、一顆星，有些人認為遊戲太簡單、無創意，有些人則認為任天堂有誠意、設計關卡具有挑戰性。不過相較動輒花費破千、破萬的商城制手遊，《超級瑪莉歐酷跑》新台幣300元的付費的確很便宜，且遊戲性尚算足夠，適合輕、中度玩家體驗。
雖然市場對於《超級瑪莉歐酷跑》的機制有所疑慮，導致任天堂股票在周一大跌；不過《超級瑪莉歐酷跑》Android版本在還沒上市，依照IOS上用戶反應來看，相信會再次引起一波熱潮，未來任天堂還會推出《動物之森》與《聖火降魔錄》手遊版，值得玩家持續關注。