依民進黨所提出的修法版本，中國大陸學生可比照外籍學生納入健保，而包括陸生、僑外生等經入學許可來台就學的學生，都需自付全額健保保費。但國民黨立委質疑，陸生與僑外生需全額自付保費，但在台外籍神父、修女等人士卻只需付6成，明顯有爭議。
除了保費問題外，國民黨團強調，陸生依「兩岸人民關係條例」認定其是在台身分是「停留」，與健保法需「居留」才能納保的資格不同，但民進黨此次只修健保法有關保費自付額部分，納保資格認則以「附帶決議」方式授予衛福部可另行認定。立委蔣萬安就批評，民進黨以附帶決議來取代法律授權，是開嚴重的惡例。蔣萬安：『(原音) 今天如果要用附帶決議的方式來處理，我告訴各位，這是開了一個惡例，因為未來如果都可以繞過整個修法的程序，都可以透過附帶決議的方式來處理，這完全違背法治國的原則，完全違背憲法的體制。』
民進黨立委楊曜則指出，朝野不應繼續在「居留」或「停留」的政治問題上打轉，以附帶決議方式處理雖不完美，但可為爭議多年的陸生納健保問題解套。楊曜：『(原音)這個附帶決議就是要在修法的過程，很明確的授予衛福部去做居留文件的認定，用這樣的方式，我坦白講並不是很完美，可是是一個比較健全、以後運作比較沒有問題、而且不會再讓這個問題一直延宕的立法方式。』
在野黨對修法爭議輪番表達意見，直到過了中午仍無共識，民進黨在人數優勢下表決通過停止討論，主席吳玉琴宣布將全案送出委員會交付朝野協商。吳玉琴：『(原音) 我們就不就民進黨提出的條文一一表決，現在民進黨黨團、親民黨黨團及各修正動議，全部就送出委員會進行政黨協商。』
健保法雖完成初審，但並未進行逐條討論，國民黨立委王育敏痛批民進黨霸道，動不動就投票表決，讓在野黨對修法無法充分表達意見。