行政院農委會種苗改良繁殖場表示,水稻雖是自花授粉植物,但天然雜交率也可能達到3-5%,農地種植黑米後,如與鄰田其他白米品種的距離太近,可能會發生白米雜交黑米的情形。除此之外,稻種育苗的容器、栽培介質、稻穀收穫調製等階段,都可能會發生品種混雜問題,如果農地要再恢復種回白米,也會面臨好幾年土中可能因殘留黑米種子發芽造成混雜的情形。是以,政府為解決臺灣早期栽培稻品種繁雜及有色米、稗子混雜等問題,推行水稻良種繁殖工作不遺餘力。
由於機能性食品勢必為未來的主要潮流,因此農委會所屬相關主管單位已進行因應措施之擬訂,除了輔導各地區設置有色米種植專區外,對於任何可能造成黑白米混雜的原因,期能加以掌握和管控,以避免混米事件再次發生,影響農民權益及生計。