吳士存認為，南海問題的本質是中國和其他聲索國，圍繞南沙群島領土，以及島嶼爭議所引發海域主張。但是，各聲索國利用美國亞太再平衡戰略，將南海問題國際化，讓南海議題從原來的領土和海洋劃界爭議，演變至今成了美、日、印等大國地緣政治利益、航道管控的問題。
他強調，「南海問題已經有質的變化，應該回歸中國和聲索國之間的爭議，和平非武力解決，回到雙邊談判和協商的方式解決。」
日前，中國海軍在南海撈到美國無人水下偵測器，引起雙方緊張。吳士存表示，「這次撈到水下無人潛水器，雙方說法不同，但顯然美國是針對中國來的，並非像他們所說，是探測海水溫度所用。南海海水溫度和鹽度都是公開資料，不用以這種方式探索，美、中海軍都心知肚明。」
吳士存預測，2017南海情勢不可預測性增加，大家搞不清楚南海會發生什麼事，例如中、美專家都在觀望，看看新任總統川普會推動什麼樣的亞太政策、南海政策會有什麼變化？
他同時指出，如果南海和平穩定不保，受害最大的是中國，因為中國是南海最大的沿岸國，而且貿易依賴度高，中國80%的貿易依靠海運，其中80%是經過南海，一旦南海出現問題，受害最大是中國，因此將採取一系列措施穩定南海情勢。
對於總統蔡英文在南海的相關宣示，吳士存表示，蔡英文沒有繼續堅持U型線，更沒有提以中華民國名義，對南海諸島堅持主權，因此蔡英文在南海問題上，雖然沒有明講放棄，但未來民進黨將只會守住東沙群島和太平島。
他強調，「蔡英文新南向政策就是去大陸化，讓台灣和大陸在南海問題上做切割，南向政策必然導致台灣在南海問題和大陸切割，呼應美日、迎合東協。」
吳士存更認為，「不排除在美日壓力下，太平島作為人道救援基地，美國也加入人道救援，讓太平島變成是服務美日的軍事需求，跨越紅線，大陸會有一套相應措施，要美、台等方面付出代價。」
他表示，南海問題幾代人都解決不了，是世界上涉及國家最多、島嶼最多、海域最廣的水域，短時間解決爭議不現實。先易後難，從低敏感的領域開始，例如環境保護、科學研究、搜救、漁業保護等，不涉及領土劃界和主張。
▲位於海南的中國南海研究院。（圖／記者彭媁琳攝,2016.12.18）
▲位於海南省海口市的中國南海研究院。（圖／記者彭媁琳攝,2016.12.18）
