委員會初審過程中，朝野較有共識的是下修公投票的投票年齡，由現行的20歲下休到18歲；以及降低公投連署門檻，從千分之五降為萬分之一、提案門檻由百分之五降為百分之一點五，通過門檻則刪除「雙二一」制，改為同意票達投票權人總額四分之一，即為通過。
在領土變更案之複決是否納入公投項目部分，國民黨立委黃昭順表示，國民黨過去反對，在選舉上付出代價，所以「從善如流」，改為支持態度；但親民黨立委陳怡潔堅持刪除，時代力量則堅持納入。最後，民進黨團提出修正動議，將條文修正為全國性公民投票，依憲法規定外，適用法律之複決、立法原則之創制及重大政策之創制或複決，將領土變更案複決回歸《憲法增修條文》。
而在兩岸間政治協議是否應先交付公投也引發朝野激辯，內政委員會召委、民進黨立委趙天麟建議，由委員會做出決議刪除該條文，留待兩岸協議監督條例立法過程時再一併討論。
不過，黃昭順認為，內政委員會只有民進黨的召委，至今都沒有排案審查兩岸協議監督條例，現在提出要留後討論，根本是想「打假球」。趙天麟最後裁示，由於各黨團無法整合出意見，因此就依民進黨團版本送出委員會，但親民黨團聲明反對，國民黨團、時代力量則保留異議，會依此版本送院會進行協商。
趙天麟會後受訪時表示，憲法針對修憲案之複決、領土變更案之複決本來就有規定，但並不代表是不能公投的，修正後是把憲法與法律層次明確化，憲法相關規定之外的執行程序，就照公投法來走，「就不會落入意識形態的政治對決」。
趙天麟強調，公投法是在規範全體性的，如果為了兩岸協議新增條文，未來不同法律、不同價值就一直增列，「這樣會增列不完」，所以就回到兩岸協議監督條例立法的時候，再專門針對兩岸「政治協議」來定義會比較聚焦。
趙天麟也說，本次修法感受到朝野彼此間的善意，除若干條文有個別委員表達異議、列入記錄外，其他都已初審完畢、送出委員會，但須經朝野協商，若從現在起算1個月協商期，「本會期還是有機會可以三讀」。