阿公店水庫主要洩洪設備是溢洪管，颱風豪雨期間經由溢洪管排放到阿公店溪，水位37公尺時最大洩洪量每秒84.5立方公尺。若水庫進水量過大溢洪管排放不及，水庫水位超過37公尺時，則由越域排洪道自然溢流，排放到牛稠埔溪匯流入二仁溪。
梅姬颱風侵襲期間，阿公店水庫總放水量1,364萬立方公尺，越域排洪道自然溢流量33萬立方公尺，僅約佔全部放水量之2.4%，全部過程皆符水庫運用要點及水門操作規定。阿公店水庫越域排洪道於9月28日5時開始溢流，平均溢流量每秒約10立方公尺，二仁溪崇德橋流量每秒超過1000立方公尺，阿公店水庫溢流相對於河川流量影響非常少（約1%以下）。
由二仁溪水文資料顯示，9月28日凌晨田寮區二仁溪沿岸部分區域即已傳出淹水災情，當越域排洪道9月28日5時開始溢流時，崇德橋水位已經是退水階段。因此田寮地區淹水與本局阿公店水庫溢流幾無關聯。
經查田寮區崇德橋水位，9月27日下午5時到9時4個小時上漲9公尺，於9月28日凌晨水位越過橋面。二仁溪水位暴漲應是短時間強降雨有關。強降雨造成二仁溪上游外水高漲致內水無法順利排除，實為淹水主因。為消除民眾疑慮避免誤解，南水局特舉辦地方說明會，向民眾說明梅姬颱風操作運轉實況以釐清事實。