現行國安局組織法第9條規定,國安局的部分預算得列為機密,應受立法院秘密審查,其預算編列、執行及決算審查,由有關機關以機密方式處理。
行政院表示,現行國安局的機密預算係編列於國防部之下,為一個單一單位預算,機密預算部分則不得對外開放。未來若完成修法,將不再有國安局整筆的預算,相關預算將藏身於各部會預算之中。
行政院指出,鑑於國安局情報工作執行實質內涵,向來為外國或敵對勢力攻堅的目標,為避免影響情報工作的推展,甚至危及情報工作人員恐行政院院會通過的修正條文明定,國安局預算應寄列於政府其他機關,並受立法院審查。