台東氣象站的前身是測候所，日治時期1896年開始規劃，但因東海岸尚無架設電信設備，加上交通艱困，運補不易，直到1901年才正式設立測候所，直隸台灣總督府。
初期借用台東廳第一室充當辦公室觀測，後來遷到現址，並且從日本移植7株罕見黑松。
由於台東氣象站老舊，7月時尼伯特颱風又重創設備，中央氣象局編列新台幣2000萬元整建，局長辛在勤今天到台東視察重建情況。
辛在勤說，台東氣象站整建後，不僅是氣象觀測，也要做地方氣象教育的推廣；台東一直是台灣氣象觀測的重鎮，因此無論設備提升、人員精進，都在這次整建中一次到位，希望帶給台東最好的氣象服務。
重新改建的廳舍，保留原有日式風格，搭配7棵百年樹型蒼勁的老黑松，讓整個氣象站彷彿回到過去的風采，民眾讚「這將會是全台最具特色、最美的氣象站」。