復興航空無預警解散，讓蔡政府被叮得滿頭包，交通部長賀陳旦也成為眾矢之的，不只遭到行政院長林全怒斥，更傳出賀陳旦將請辭或是直接被撤換，不過據週刊報導，早在復航事件前一個月，賀陳旦就因為「擋了」蔡英文力推的山手線建設，讓小英氣憤到揚言撤換賀陳旦，若非當時林全力保，賀陳旦的烏紗帽可能早就不保！ 據《鏡周刊》報導，早在復興航空事件前一個月，民進黨黨政高層討論台中市提出的山手線捷運「上環－彩虹甲后線」計畫，據知情人士透露，蔡英文對此項政策不但支持，更表態要中央全力支持這項由林佳龍和蔡其昌力推的建設。 然而「本位主義」色彩濃重的賀陳旦，卻認為山手線預算高達926億元，且沿線的人口不足，因此對山手線的態度曉得相當消極，這引起蔡其昌與其他立委不滿，用聯名的方式集體向蔡英文「告狀」，據傳蔡得知後大怒，在內部會議上揚言要撤換賀陳旦，直到林全出面為賀緩頰才讓現場尷尬的氣氛停止。 儘管因為林全的立保暫時免於遭到撤換，但據傳黨政高層自國道連假夜間免費、桃園機場淹水、華航罷工和中客團火燒車事件以來，賀陳旦不斷與府院不同調的立場相當不滿，有黨政人士直言，這次的復航事件恐怕將磨光讓府院對賀的耐心。