有消息指出，早在林全組閣之際，已有不少人透過管道欲進入交通部卡位，最後敲定由扁政府時代的賀陳旦出任部長，看似擺平各界，但賀陳與民進黨派系格格不入的行事風格，並不受到歡迎。而賀陳旦上任後，除了自己引爆的國道取消夜間免收費政策，包括桃園機場淹水、華航罷工、陸客團火燒車等，都讓賀陳成為箭靶，「射出來的箭又多又猛」。
對此，劉世芳表示，這次行政院和交通部在做危機應變的處理，還滿順利的，對外界指責的部分，對賀陳旦來講當然是有壓力，但行政院的高層並沒有要他請辭的問題，倒是民航局在通報的速度太慢，而且所管轄的民用航空公司只有幾家而已，沒有預警系統是要大大的檢討。
民進黨立委莊瑞雄則說，交通部長這個位子到底是不是肥缺這件事情，看起來如果沒兩把刷子，應變能力如果沒有辦法非常迅速，社會大眾是不會滿意的，所以「與其說肥缺，不如說是塞缺」。
民進黨立委趙天麟指出，賀陳旦的表現稱不上好，很多時候有風聲要他下台，都只是情緒性發言，不代表民進黨的立場，黨團、府、院在討論的時候，沒有這種聲音，只是小道消息和情緒發言。
趙天麟並說，現在不是究責的時候，特別是今天高雄旅展開始，這些旅行業者都面臨連鎖效應，擔心會倒閉，儘管政院一開始處理步調不一，但後來馬上整隊成功，所以究責可以等到問題解決之後，應先處理員工轉職、旅行社幾十萬張票、及興航後續的財務問題，這都在考驗賀陳及交通部的能力，所以問題如果解決，他就應該做下去，問題無法解決就下台。
趙天麟強調，其實亂象只有第一天，交通部太講究文字遊戲，導致政院政令無法貫徹，但經過一天之後，行政院和交通部已達成共識，就是接管興航留下來的爛攤子，「接管」不是法律名詞，是政治用語，這才是民眾想要知道的，現在雖然整隊成功，但問題不一定可以解決，所以還是要看賀陳旦能不能解決問題，問題不能解決就走人。