陳慧玲今天就馬公內灣的污染問題，大都來自陸地污水排放、箱網養殖污染、海上平台廢水排泄物及其他化學物質和重金屬，希望澎湖縣政府應清除內灣積淤的底泥列為首要工作。
陳慧玲更提出澎湖跨海大橋改建後，全長2494公尺的跨海大橋，兩端長達1500多公尺的路堤，已失去以往跨海長虹的氣勢，也因此改變整個內海水文生態，妨礙各式魚貝蝦蟹幼魚的繁殖，也重創澎湖內海海洋生態，導致漁業資源日益枯竭，希望澎湖縣政府爭取經費來改建，重塑澎湖觀光新地標。
陳慧玲指出，澎湖跨海大橋是連接白沙與西嶼2鄉的主要橋樑，民國54年興建，59年完工通車，讓居民由以往的海陸改為陸路交通，也成為當時最重要的觀光地標，隨著觀光發展與來往車輛增加，民國72年進行拓寬改建由單線成為雙線道。
陳慧玲表示，拓寬改建的跨海大橋，在民國85年完成，使用迄今已逾20年，但大橋兩端引道伸向吼門水道填築，長達1519公尺的路堤，使得跨海大橋僅剩900多公尺，完全失去舊橋的雄偉磅礡氣勢，希望縣府向中央爭取重建，拆除兩端路堤使用橋墩，淨空吼門水道解除封印，以拯救內海水文生態，並改建成有特色的造型橋，再創觀光新地標。