核輻射污染過的疑慮，令消費者擔心福島食品不安全，近日報導傳出政府擬與日本就開放日本福島食品輸台換漁權（進沖之鳥經濟水域捕漁）。曹啟鴻說，農委會副主委陳吉仲說過，要跨部會做風險評估，用科學證據為國人把關，農委會一定會以國人的健康為第一要務。
對於日本曾有官員來台參與研討會時說，日本的檢驗認為是安全的。曹啟鴻說，「這不是單方說了算，要根據自己（台灣）的科學數據說話，衛福部不會拿國人的健康開玩笑，農委會也不會這樣開玩笑，這是非常嚴肅的問題，所以農委會跟衛福部不會是不同調」。
媒體追問，「所以不贊成開放福島食品進口？」曹啟鴻說，「不是不贊成，不是這樣做結論」、「沒有答案」。
曹啟鴻強調，國際貿易談判時時刻刻在交易，歐盟也希望賣我們東西，向來國際談判是各自提出需求，「每一次談都會有這樣的交換、討論，而不是交換結果」。