上週出版的週刊媒體報導，同樣身為醫師的台北市長柯文哲，對此表示不以為然，認為使用耐絞寧要非常小心，必須要經過醫師確診後使用。對於柯文哲的說法，顏純左也公開回應，他說各位醫界同仁的顧慮他都清楚瞭解，他也和大家一樣，是站在救人和愛護生命的立場，才會做出相關呼籲。顏純左說，對於爭議的部分，他願意和包括柯市長在內的醫界人士公開討論，因為他始終認為，對的事情就該堅持，他舉自己94年推動減害防毒替代療法為例，當時雖然飽受各界批評，但推動後全國注射毒品所引發的愛滋感染人數大幅下降，證明該項政策非常成功。顏純左說，有關耐絞寧爭議既然醫界本身尚未達成共識，他希望能和其他醫師進一步釐清、討論，為的是給予民眾最正確的保健與用藥觀念。
台北市長柯文哲，認為使用耐絞寧要非常小心，必須要經過醫師確診後使用。
顏純左說，公共政策本來就沒有百分之百的認同度，尤其是觀念上的改革和進步。但是人的生命是寶貴的，他願意持續和社會各界溝通，如果能用預防醫學的概念來控制風險，照顧全民健康、降低民眾傷亡，這才是他身為醫師所應善盡的責任與使命。