在台北看守所期間，陳水扁多次傳出病重、命危，多次戒護就醫，經核磁共振影像檢查，其腦部嚴重萎縮近2成，被診斷出患有尿失禁、重度睡眠呼吸中止症、重度憂鬱症，也經常被捕捉到手抖、坐輪椅代步等憔悴模樣。之後法陳水扁被送往台中監獄附設培德醫院治療，但卻獨居208坪牢房，還有小花園及魚池供其休閒娛樂，特殊待遇引發爭議。
2015年1月陳水扁獲准保外就醫，搬至高雄定居，法務部矯正署多次核准延長保外就醫，但陳水扁2016年卻健康地參加蔡英文總統就職典禮，被質疑手抖是裝出來的。
10月在看護陪同下在住家附近公園散步，遭麵包師傅偷拍，陳水扁暴怒嗆對方喊提告，引發爭議，許多人認為他中氣十足，健康應該沒問題，質疑不需再延長保外就醫，應回監獄繼續服刑。