Honda HR-V搭載7大主動安全系統，將「TPMS胎壓異常警示系統」、「VSA車身動態穩定控制系統」、「Motion Adaptive方向盤動態修正輔助系統」、「HSA斜坡起步輔助系統」、「BOS煞車優先系統」、「EBD電子煞車力道分配系統」、「BA電子式煞車力道輔助系統」全面升級為標準配備，更輔以「EBL緊急煞車警示系統」，實現對安全要求的高標準。
在被動安全部分，Honda HR-V採用Honda獨有、最新進化的G-CON技術，及兼具「提升自我保護能力」與「減低對方車輛傷害」的ACE高剛性鋼骨防護車體結構，輔以具有最大防護效能的6 SRS輔助氣囊(S等級)等被動安全裝備。
只不過，HR-V一上市就被網友挑出定價太貴的問題，尤其是以國產車定價超過新台幣80萬元，讓網友酸到爆；加上本田今年才傳出國產車款生鏽的問題，在HR-V導入國產下，消費者也相當擔心生鏽問題是否徹底解決。