嘉義縣管區域排水計65條，分屬27個排水系統，所需整體治水經費約332億元，其中水利署於95~102年執行「易淹水地區水患治理計畫」(已投入65.08億元) ，98~101年執行「加速地層下陷區排水環境改善示範計畫」(已投入28億元)，總計在嘉義縣投入經費計約93.08億元，分年分期逐步改善嘉義縣排水系統，已讓鄉親有感政府改善淹水之效果。
「易淹水地區水患治理計畫」及「加速地層下陷區排水環境改善示範計畫」，以高低地分線為界，高低地分線以西(嘉義縣東石鄉、布袋鎮及義竹鄉等嚴重地層下陷區，該區域每天僅能重力排水約2小時，整治前每逢颱風豪雨淹水可長達約7-14天，為改善沿海地區居民長期淹水夢魘，中央與地方政府共同合作，於嘉義縣沿海地區十年投入經費約83.8億元（約9.28億元非屬沿海地區）。以滯洪池、抽水站、村落淹水防護措施及排水路整治等綜合治水策略辦理改善，整治後歷經多次颱風豪雨，以今年梅姬颱風來襲為例，相較94年612豪雨，嘉義縣淹水面積及天數已大幅降低，足見整治成效明顯改善。
治水工程攸關人民生命財產安全，是持續性及必要性工作，所以，政府於103年度通過「流域綜合治理計畫(103~108年)」，目前「流域綜合治理計畫」第一期及第二期治理工程於嘉義縣核定經費約40.76億元，因高低地分線以西大致已完成約90%，本計畫整治重點為高低地分線以東之相對低漥地區，例如埤子頭排水系統(新港鄉、民雄鄉)、荷苞嶼排水系統(朴子市、太保市)、新埤排水系統(太保市、六腳鄉)；賡續以滯洪池、抽水站、村落淹水防護措施及排水路整治等綜合治水策略辦理治理工程及應急工程。
「流域綜合治理計畫」除持續辦理水患治理計畫相關治理工程外亦提出創新作為，包括以國土規劃角度推動「逕流分擔及出流管制」，加強非工程與水共存等治水新思維，透過中央部會及縣市政府與農田水利會，依整體規劃成果，以跨域協調整合性概念，分工合作推行，計畫完成後，可達成整體減災效益、經濟效益、社會效益及生態環境效益等，有效穩定計畫區域人心，提升居民之積極進取心與生產力，有效落實相關國土保育及永續發展工作。