農委會漁業署表示，據「投資經營非我國籍漁船管理條例」規定，當國人投資、經營外籍漁船，必須向漁業署報備，作業行為也必須符合國際規範，即不能駛入各國的經濟水域（離岸200浬），違規情節若嚴重，明年起新法施行，甚至可對資方（人）開罰新台幣數百到上千萬元。
此外，漁業界指出，阿曼籍漁船Naham 3並未向漁業署報備，輪機長任職外籍漁船也未向漁業署報備，船被發現時已在索馬利亞外海66浬處，已進入該國經濟水域，以上三事都涉嫌違規，但是本案已涉及人命，並傳出漁業署不會再追辦；不過事發當年正值索國海盜猖獗年份，船方恐有冒高風險捕鮪魚之實。
漁業署另補充，台灣人經營的外籍漁船有報備的數量為200多艘；但若是本國漁船，隨時衛星監測位置，絕對不准駛入海盜猖獗的索馬利亞經濟水域，發現即通知立即離開，否則視為重大違規，且「漁業三法」今年修正通過後，明年起重大違規將開罰數百到上千萬元。
「漁業三法」包含「遠洋漁業條例」、「投資經營非我國籍漁船管理條例」及「漁業法」，都已修正通過，相關重大違規罰鍰，可能從目前開罰數十萬元，明年起就動輒跳上數百萬到上千萬元。