尼伯特颱風在台東釀成慘重災情，蔡英文總統勘災時曾允諾動用花東基金，儘速協助重建；台東縣長黃健庭接受媒體專訪時砲轟中央3個月看不到重建經費影子、遲遲沒有到位，批評中央各部會踢皮球，讓重建經費還躺在中央。
行政院發言人徐國勇表示，行政院長林全確實允諾台東縣府提出計畫，爭取「花東地區永續發展基金」，將台東建設成美麗、安全、宜居的城市，但台東縣所提計畫約需經費24億4,797萬元，屬於一般建設基金，應循法定程序加以審查及核定，與上述已到位的救災經費不同，應先釐清。
行政院表示，行政院7月11日已預撥特別統籌分配稅款5億元，其中包括主計總處於8月24日核准「尼伯特風災住屋毀損救助專案」所需經費2億3,840萬元；其次，主計總處再於9月9日核定公共設施復建經費共計4億1,914萬7千元(已扣除台東縣本年度災害準備金尚可支用數1,852萬2千元)，依「中央對各級地方政府支用災害準備金審查原則」相關規定，先行撥付30%，也就是1億2,574萬4千元，剩餘70%的2億9,340萬3千元將依台東縣公共工程復原重建進度依序核撥。
行政院表示，目前中央所先行撥付台東縣之中央特別統籌分配稅款仍餘1億3,586萬元，後續主計總處將依公共工程復建進度補足前述公共工程款項，黃健庭所指救災經費未到位，並非事實。