總統府表示，依照既定規劃，「執政決策協調會議」的召開時間原本是每週一下午5時，第一次會議是因為總統舉辦國宴，宴請宏都拉斯總統，因此改到中午召開；第二次則是因為國慶而延到隔日，但由於行政院長林全當天必須待備詢結束，因此才調整到晚上7時舉行，17日則回到原定時間辦理。
總統府並再次強調，總統召集「執政決策協調會議」，是總統身為民選總統和國會多數黨主席，為了強化執政團隊間的決策協調而召開，既沒有取代任何既有的政府體制，也沒有逾越總統憲政分際的問題。至於會議時間的選擇，只需要便利成員的出席與會議進行，所謂「迴避違憲疑慮」的說法並不正確。