目前三級機關首長除健保署之外，均限制由文官擔任，總統蔡英文日前主持第二場執政決策協調會議，人事長施能傑會中表示，行政院將提出修正草案，使三級機關首長有一定比例得採取政務、常務任用雙軌制，讓政府引進更多外部人才。
對於外界質疑政治凌駕專業、三級機關首長部分非由文官出任，會衝擊文官升遷及打擊公務員士氣等問題，人事行政總處今天發布新聞稿釋疑。
人事總處表示，依現行規定，三級機關首長目前即可衡酌業務性質而任用政務人員，如健保署考量到預算規模大，且涉及健保政策擬定，對民眾生活影響甚鉅，在其組織法明定首長得以政務任用，而這次修正只是讓這個規定在適用上更完備周延，並且會訂定該類政務人員的上限。
人事總處指出，其次，未來並不會讓所有三級機關首長都改為政務職務，而是負責政策擬議或預算規模高，影響部會重大施政的機關才採政務或常務雙軌任用制度。因此即使是雙軌制下，政務任用只是選項之一，還是要依業務需要決定，同時，即便原為政務任用，也可再動態調整為常務任用。
人事總處表示，第三，長久以來，中央政府許多三級機關首長負擔重要職責，負責政策擬議和執行龐大預算，是落實總統、院長和部長施政理念的重要組織，同時也被要求直接面對立法院的預算審查及質詢等監督，為免其專業因面對政治干擾而受影響，部分三級機關以政務人員任用是有其必要性。
人事總處也表示，目前規劃中的方案，只有部分比例改列雙軌，多數三級機關仍將以常務任用，現行文官如有職務專業及意願，也可轉任政務，以及有得至其他機關或機構陞任等管道，因此修法影響程度有限。