針對外界疑慮部分，特別說明如下：首先，依現行中央行政機關組織基準法第18條規定，三級機關首長目前即可衡酌業務性質而任用政務人員，如現行衛生福利部中央健康保險署，考量其預算規模大，且涉及健保政策擬定，對民眾生活影響甚鉅，即於其組織法明定首長得以政務任用，而本次修正只是讓這個規定在適用上更完備周延，並且亦會訂定該類政務人員之上限。
其次，未來並不會讓所有三級機關首長都改為政務職務，而是負責政策擬議或預算規模高，影響部會重大施政之機關才採政務或常務雙軌任用制度。因此即使是雙軌制下，政務任用只是選項之一，還是要依業務需要決定，同時，即便原為政務任用，也可再動態調整為常務任用。
第三，長久以來，中央政府許多三級機關首長負擔重要職責，負責政策擬議和執行龐大預算，是落實總統、院長和部長施政理念的重要組織，同時也被要求直接面對立法院的預算審查及質詢等監督，為免其專業因面對政治干擾而受影響，部分三級機關以政務人員任用是有其必要性。
最後，外界質疑三級機關首長部分非由文官出任，會衝擊文官升遷及打擊公務員士氣。規劃中的方案，只有部分比例改列雙軌，多數三級機關仍將以常務任用，現行文官如有職務專業及意願，亦可轉任政務，亦有得至其他機關或機構陞任等管道，因此本修法影響程度有限。
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訊息來源：行政院人事行政總處