上週五（10月7日）台化高層、彰化縣長魏明谷跟李應元為了台化彰化廠許可證爭議一案， 在行政院環境保護署展開3方會談。
當時李應元被環保團體批評是角色錯亂，對此李應元晚間接受電視專訪時表示，會擔任雙方協調的角色，是10月2日時，林全交代的。
李應元說，大家可以跟行政院發言人徐國勇、行政院副院長林錫耀甚至林全本人求證，且10月4日林全在立法院答詢時也說，台化事件牽涉到環保跟就業問題，希望兩者能兼顧，中央會擔任起協調角色。
為何會交代李應元處理，李應元指出，主要原因是牽扯到環保加嚴排放標準。
李應元在節目中也針對外傳是總統蔡英文交代他處理一事對外回應表示，蔡總統沒說，但府院是一體的。
另外，有關媒體人吳子嘉指控他跟台化高層密會一事，李應元說，他從政多年、當行政院秘書長時，見產業、社會界人士都是公開的。