台南市議會從9月30日起召開臨時會，首日就爆發衝突，國民黨議員洪玉鳳在混亂中遭打中左眼送醫，開刀住院治療。經過兩天休假，今天進入第2天議程；由於各黨團在會前的協商破裂，民進黨堅持繼續開會進行議長補選，上午爆發一波肢體衝突，兩名女議員受傷送醫，下午進行議長補選投票。
國民黨團成員在投票前手持標語進入議場，高喊違法開會；隨後在代理議長郭信良登上主席台主持會議時，再度圍上主席台表達不滿。多名民進黨議員也圍在主席台邊「護航」，隨後郭信良宣布開始選舉，結束短暫混亂。國民黨團成員則退出議場，決定不參與選舉投票。
國民黨團書記長蔡育輝表示，此次臨時會未經議會程序委員會審議，本來就是違法開會；且議員是在今天中午才接到投票通知，不符合規定。另外洪玉鳳因傷住院無法出席，這次選舉也導致洪玉鳳的權益受損。國民黨不是輸不起，而是要求程序要完備，因此將提出選舉無效之訴。
民進黨團總召林宜瑾表示，這次臨時會未經程序委員會審議是因為國民黨團杯葛，才導致程委會兩度流會；後來經過26名議員連署，仍屬合法召開。在合法召開的會議中進行的議長補選，沒有所謂不合法的問題。