反迫遷社運團體幾個月來多次北上抗議，對府院造成壓力，總統府副秘書長姚人多銜命南下與社運團體溝通，內政部日前也提出將研修《土地徵收條例》，盼能化解團體與被拆遷戶的不滿。
有媒體報導，陳菊團隊對府方與內政部的舉措私下頗有微詞，高雄市府本預定在9月底、10月初前進行果菜市場拆遷，但因蔡總統在25日回應反迫遷團體聲明時，提及重視個人居住權利，將按照團體訴求朝財產權、居住權脫鉤方式處理；同時內政部也提出修法，讓高雄市府團隊質疑，中央在此時出手，會凸顯爭議中社運團體的聲音，陷陳菊於不義，讓陳背負所有迫遷罪名。
報導也指出，由於果菜市場等拆遷爭議，市府認為已竭盡所能做了一切溝通，近日中央出手，又讓輿論情勢有所轉換，也影響高雄市政府的施政節奏。
為此，高雄市政府發出聲明澄清，強調「中央與地方都有充份進行溝通，意見隨時交流」；同時，市府在果菜市場整建案中，堅持建設立場同時，也與居民持續溝通，「相信這與總統理念應屬一致，也絕無所謂『不滿』可言。」