台糖強調，崁頂焚化爐運作均依現行環保及契約法規來執行，國內各焚化廠啟爐所用之燃料大都為柴油，啟爐初期在爐溫未達設計溫度之前，為確保空氣污染防制設備安全，需採取旁通（未經袋濾式集塵器）方式處理。
因時間短、濃度低，會有短暫黑煙出現，該廠焚化爐煙囪排放監測系統已24小時連線環保局網站，民眾可隨時上網查閱。
對於崁頂鄉公所指回饋金逐年縮減，台糖指出，崁頂焚化廠原設計係作為一般廢棄物（家戶垃圾）焚化廠，但近年來縣府大量收受一般事業廢棄物進廠處理，又其成分複雜且熱值遠高於家戶垃圾，致使焚化量較以往減少。
此外，按營運契約規定，焚化廠回饋金係交由縣政府統籌運用，非台糖權責，台糖也盼此焚化廠能回歸原設計。